Patoloogilise anatoomia kogu sai alguse likvideeritud Vilniuse Medikokirurgia Akadeemia ja Kaasani Ülikooli omadest. 1849. aastal võeti neile kuulunud preparaatidest arvele vastavalt 458 ja 77. Osa preparaate saadi kingituseks õppejõududelt, kohalikelt mõisnikelt ja teistelt isikutelt. Näiteks kinkis 1849. aastal prof Peter Jessen 14 ja prof Friedrich Brauell 10 zoopatoloogiaalast preparaati ning Reola mõisnikult saadi kahepealise vasika eeskeha.

Kogu on tõenäoliselt rikastanud kõik selle distsipliini õppejõud. Eriti silmapaistev oli püsipreparaatide valmistamisel prof Johann Waldmann (1856–1922). Olulise osa moodustavad prof Vassil Ridala (1906–1985) juhendamisel muretsetud patopreparaadid, sh arvukad konkremendid (kivid). Dots Valentina Kärneri (1926–1986) osalusel valmistati palju kasvajapreparaate. Kahjuks jäävad aga konkreetsete püsipreparaatide valmistajad enamasti teadmata. 1918. aastal evakueeriti väärtuslikumad näidispreparaadid Saraatovisse. Palju preparaate hävis Teise maailmasõja ajal.

1990ndatel aastatel renoveeris, täiendas ja kataloogis patoanatoomia kogu preparaate toonase loomaarstiteaduskonna veterinaarmeditsiini muuseumi juhataja Velta Lokk. 2006. aastal alustati anatoomia kogu inventeerimist, dokumenteerimist, andmebaasi loomist ja hoiutingimuste parandamist kaasaja tasemel.

Patoloogilise anatoomia kogu on hinnatud ka väljaspool õppeasutuse seinu. Nii sai see 1938. aastal Eesti Põllumeeste Seltsi näitusel suure kuldmedali ning 1955. ja 1956. aastal Tartu rajooni põllumajandusnäitusel esikohadiplomi.